Kehre zurück nach Johto in Pokémon Kristall-Edition auf den Systemen der Nintendo 3DS-Familie.

Pokémon Kristall-Edition für Game Boy Color bereicherte die Pokémon-Reihe um einige neue und aufregende Elemente. Als erweiterte Version von Pokémon Goldene Edition und Pokémon Silberne Edition war es das erste Pokémon-Spiel, in dem sowohl ein männlicher als auch ein weiblicher Hauptcharakter zur Auswahl stand. Auch die Animationen bei Pokémon-Kämpfen waren in diesem Teil der Reihe neu.

In dieser Version von Pokémon Kristall-Edition können Spieler in einer Szene nach Abschluss des Spiels dem mystischen Pokémon Celebi begegnen. In der Originalversion von Pokémon Kristall-Edition konnte Celebi nur nach Einsatz eines speziellen Zubehörs gefunden werden.

Pokémon Kristall-Edition unterstützt die Kommunikationsfunktionen des Nintendo 3DS-Systems. So können Pokémon-Trainer Linktäusche und Linkkämpfe mit Besitzern der Virtual Console-Versionen von Pokémon Kristall-Edition, Pokémon Goldene Edition und Pokémon Silberne Edition durchführen.

Dank der Zeitkapselfunktion, die ebenfalls von Pokémon Kristall-Edition unterstützt wird, können Spieler per Linktausch Pokémon mit Besitzern der Virtual Console-Versionen von Pokémon Kristall-Edition, Pokémon Goldene Edition, Pokémon Silberne Edition, Pokémon Rote Edition, Pokémon Blaue Edition und Pokémon Gelbe Edition: Special Pikachu Edition in Pokémon-Centern im Spiel austauschen.

Weiterhin unterstützt Pokémon Kristall-Edition auch Pokémon Bank. Somit können nun Pokémon aus allen Hauptspielen der Reihe zu Pokémon Ultrasonne und Pokémon Ultramond hinzugefügt werden.